Qué es la microbiota intestinal
La explicación completa y sin mitos: qué es la microbiota intestinal, qué hace, qué la cambia y qué se puede medir hoy.
5 min de lectura · 11 referencias · Actualizado el 12 de septiembre de 2026
La microbiota intestinal es el conjunto de microorganismos que viven en tu tubo digestivo, sobre todo en el colon: bacterias en su mayoría, y también arqueas, hongos y virus. No es un adorno biológico. Aporta muchos más genes que tu propio genoma [1], participa en la digestión de lo que tú no puedes digerir [2] y entrena a tu sistema inmunitario desde los primeros meses de vida [3]. Esto es lo que se sabe, y lo que no.
Cuántas bacterias tienes en realidad
Durante años se repitió que llevamos diez bacterias por cada célula humana. El cálculo se revisó en 2016 y la cifra quedó mucho más cerca de la paridad: alrededor de 38 billones de bacterias frente a unos 30 billones de células humanas, con la mayor parte de las bacterias concentradas en el colon [4].
Sigue siendo una cantidad enorme, pero la idea de que somos «más bacteria que persona» era un titular, no un dato.
Lo que sí impresiona es el material genético. El primer catálogo de genes del intestino humano identificó cerca de 3,3 millones de genes microbianos, más de cien veces los del genoma humano [1]. Y los catálogos recientes, construidos con secuenciación masiva, ya reúnen más de 200.000 genomas del intestino humano, muchos de especies que nadie ha conseguido cultivar en un laboratorio [5].
Por qué se la llama «órgano»
La comparación no es una licencia de marketing: viene de un artículo científico de 2006 que definió a la flora intestinal como «un órgano olvidado», porque cumple funciones metabólicas propias, tiene su propia estructura y se comunica con el resto del cuerpo [6].
Pesa aproximadamente lo que un órgano mediano, hace un trabajo que ningún tejido humano puede hacer y, a diferencia de los demás órganos, se puede modificar con lo que comes.
Qué hace por ti
Fermenta la fibra que tú no digieres. Ese es su trabajo más conocido. Al fermentarla produce ácidos grasos de cadena corta, sobre todo acetato, propionato y butirato, que alimentan a las células del colon y participan en la regulación del metabolismo y de la inflamación [2]. El butirato tiene su propio artículo, si quieres el detalle.
Sintetiza vitaminas. Varias bacterias intestinales producen vitamina K y vitaminas del grupo B, como la B12, el folato o la riboflavina, que se absorben en el colon [7].
Entrena al sistema inmunitario. Buena parte del tejido inmunitario del cuerpo está en el intestino, y la microbiota participa en su desarrollo y en cómo distingue entre lo inofensivo y lo peligroso [3].
Forma parte de la barrera. Al ocupar el espacio y competir por los nutrientes, dificulta que se instalen microorganismos que no deberían estar ahí.
Qué la cambia
La dieta, y muy rápido. Un experimento clásico cambió la alimentación de voluntarios a una dieta solo animal o solo vegetal: la composición de la microbiota se modificó en cuestión de días, y volvió al punto de partida al recuperar la dieta habitual [8].
El entorno más que la genética. En un estudio con más de mil personas, incluidos individuos sin parentesco que compartían hogar, el entorno explicaba mucho más de la composición de la microbiota que el parentesco genético [9].
El tránsito intestinal. En el análisis poblacional más citado, la consistencia de las heces resultó ser uno de los factores que más se relacionaba con la composición de la microbiota [10]. Dicho de otro modo: cómo va tu tránsito condiciona lo que se ve en el análisis.
Los antibióticos. Tras un tratamiento con tres antibióticos en adultos sanos, la microbiota se recuperó en gran parte a los seis meses, pero algunas especies comunes seguían sin aparecer [11]. La recuperación es real y es lenta.
No existe una microbiota «normal» única
Esta es la idea que más cuesta transmitir. No hay un perfil ideal al que haya que parecerse: hay muchas configuraciones compatibles con estar sano, y lo que se compara son rangos poblacionales, no un patrón perfecto.
Por eso conviene desconfiar de cualquier producto que prometa «restaurar tu flora» hacia un único modelo. Lo que sí tiene sentido clínico es mirar la diversidad, el equilibrio entre grupos y la presencia de funciones concretas, y leerlo junto a tus síntomas.
Qué se puede medir hoy
Las dos tecnologías habituales no miden lo mismo. La secuenciación 16S lee un fragmento común a las bacterias y llega en general al nivel de género, suficiente para ver diversidad y proporciones. La metagenómica shotgun lee todo el material genético de la muestra, llega a especie en muchos casos y permite estudiar funciones y genes.
Ninguna de las dos es una prueba diagnóstica. Describen el ecosistema para orientar decisiones, y quien las interpreta junto a tu historia clínica es un profesional.
Qué puedes hacer con esto
Lo aburrido es lo que funciona: variedad vegetal, fibra suficiente, legumbres, fruta entera y alimentos fermentados; y menos ultraprocesados, alcohol y antibióticos innecesarios. Lo tienes desarrollado en cómo recuperar la flora intestinal.
Preguntas frecuentes
¿Cuántas bacterias tiene el intestino? Alrededor de 38 billones, frente a unos 30 billones de células humanas. La cifra popular de diez bacterias por célula humana se revisó a la baja en 2016.
¿Es lo mismo microbiota que microbioma? En la práctica se usan casi como sinónimos, pero microbiota se refiere a los organismos y microbioma al conjunto de sus genes. Por eso se habla de análisis del microbioma cuando lo que se secuencia es material genético.
¿La microbiota es un órgano? Se la describe así desde 2006, porque tiene funciones metabólicas propias y se comunica con el resto del cuerpo. Es una comparación útil, con una diferencia importante: se puede modificar con la alimentación.
¿Cuánto tarda en cambiar la microbiota? La composición responde a la dieta en días, pero los cambios estables necesitan semanas o meses de hábitos sostenidos. Tras un tratamiento antibiótico, la recuperación puede llevar medio año.
¿Existe una microbiota perfecta? No. Hay muchas configuraciones compatibles con estar sano, y lo que se valora son rangos de referencia y el conjunto, no el parecido con un patrón ideal.
¿Para qué sirve entonces un test de microbiota? Para describir tu ecosistema: diversidad, grupos presentes y, con metagenómica, funciones. No es una prueba diagnóstica.
Referencias
[1] J. Qin, R. Li, J. Raes et al., "A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing", Nature, vol. 464, n.º 7285, pp. 59-65, 2010, doi: 10.1038/nature08821
[2] A. Koh, F. De Vadder, P. Kovatcheva-Datchary et al., "From Dietary Fiber to Host Physiology: Short-Chain Fatty Acids as Key Bacterial Metabolites", Cell, vol. 165, n.º 6, pp. 1332-1345, 2016, doi: 10.1016/j.cell.2016.05.041
[3] Y. Belkaid y T. W. Hand, "Role of the Microbiota in Immunity and Inflammation", Cell, vol. 157, n.º 1, pp. 121-141, 2014, doi: 10.1016/j.cell.2014.03.011
[4] R. Sender, S. Fuchs y R. Milo, "Revised Estimates for the Number of Human and Bacteria Cells in the Body", PLOS Biology, vol. 14, n.º 8, e1002533, 2016, doi: 10.1371/journal.pbio.1002533
[5] A. Almeida, S. Nayfach, M. Boland et al., "A unified catalog of 204,938 reference genomes from the human gut microbiome", Nature Biotechnology, vol. 39, n.º 1, pp. 105-114, 2021, doi: 10.1038/s41587-020-0603-3
[6] A. M. O'Hara y F. Shanahan, "The gut flora as a forgotten organ", EMBO Reports, vol. 7, n.º 7, pp. 688-693, 2006, doi: 10.1038/sj.embor.7400731
[7] J. G. LeBlanc, C. Milani, G. S. de Giori et al., "Bacteria as vitamin suppliers to their host: a gut microbiota perspective", Current Opinion in Biotechnology, vol. 24, n.º 2, pp. 160-168, 2013, doi: 10.1016/j.copbio.2012.08.005
[8] L. A. David, C. F. Maurice, R. N. Carmody et al., "Diet rapidly and reproducibly alters the human gut microbiome", Nature, vol. 505, n.º 7484, pp. 559-563, 2014, doi: 10.1038/nature12820
[9] D. Rothschild, O. Weissbrod, E. Barkan et al., "Environment dominates over host genetics in shaping human gut microbiota", Nature, vol. 555, n.º 7695, pp. 210-215, 2018, doi: 10.1038/nature25973
[10] G. Falony, M. Joossens, S. Vieira-Silva et al., "Population-level analysis of gut microbiome variation", Science, vol. 352, n.º 6285, pp. 560-564, 2016, doi: 10.1126/science.aad3503
[11] A. Palleja, K. H. Mikkelsen, S. K. Forslund et al., "Recovery of gut microbiota of healthy adults following antibiotic exposure", Nature Microbiology, vol. 3, n.º 11, pp. 1255-1265, 2018, doi: 10.1038/s41564-018-0257-9