Microbiota vaginal: qué mide un análisis y qué no

Un análisis de microbiota vaginal describe qué microorganismos hay y en qué proporción. Eso es mucho, y a la vez es menos de lo que se le suele atribuir: no diagnostica una vaginosis, no confirma una candidiasis y no es un cribado de infecciones de transmisión sexual. Lo que sí hace es explicar por qué un cultivo puede salir limpio mientras los síntomas siguen, y en qué estado está el ecosistema que sostiene la defensa.

Esta guía cuenta qué se puede leer de verdad en uno de estos análisis, qué se le escapa a cada técnica y por qué la vaginosis vuelve tantas veces.

Los cinco vaginotipos

En 2011 se describieron cinco tipos de comunidad vaginal, los llamados CST, a partir de 396 mujeres asintomáticas de cuatro grupos étnicos [1]. Cuatro están dominados por un lactobacilo y el quinto no:

Vaginotipo	Quién domina
CST I	Lactobacillus crispatus
CST II	Lactobacillus gasseri
CST III	Lactobacillus iners
CST IV	Sin lactobacilo dominante, con anaerobios diversos
CST V	Lactobacillus jensenii

Hay dos cosas de ese trabajo que conviene no perder de vista, porque son las que evitan leer un informe de forma alarmista.

La primera: la proporción de cada vaginotipo varía de forma significativa entre grupos étnicos, y el pH vaginal medio también [1]. No hay un único patrón «normal» universal.

La segunda: toda esa cohorte era asintomática, incluidas las mujeres con CST IV [1]. Tener el vaginotipo que se asocia a problemas no significa tener un problema.

Hoy el clasificador de referencia es VALENCIA, construido con más de trece mil perfiles, que además subdivide el CST IV en tres subtipos [2].

Y un matiz más: el vaginotipo es una foto, no una película. En un seguimiento de dieciséis semanas, algunas comunidades cambiaban mucho en periodos cortos y otras se mantenían estables, y esa inestabilidad se relacionaba con el momento del ciclo y con la actividad sexual. En ese mismo trabajo, la diversidad y la variación observadas en mujeres sanas no indicaban necesariamente disbiosis [3].

Aquí, más diversidad es peor

Esta es la diferencia que más despista a quien viene del intestino.

En el intestino, la diversidad alta es señal de un ecosistema sano. En la vagina es al revés: la defensa consiste precisamente en que domine un solo género, porque los lactobacilos producen ácido láctico a partir del glucógeno del epitelio y mantienen el pH por debajo de 4,5.

Los números lo enseñan bien. En mujeres sin vaginosis se detectaron entre una y seis especies por muestra, con una media de 3,3. En mujeres con vaginosis, entre nueve y diecisiete, con una media de 12,6, y muchas de ellas especies exigentes que hasta entonces no se habían reconocido [4].

Así que un informe que celebre «tu diversidad es alta» en una muestra vaginal está aplicando la regla del intestino donde no toca.

Qué ve cada método

	Cultivo	Panel PCR cerrado	Secuenciación
Anaerobios exigentes	No crecen	Solo los de su lista	Sí
Especies de Gardnerella	No las separa	No las separa	Sí
Proporción de cada especie	No	Parcial	Sí
Inflamación	No	No	No
Sensibilidad a antibióticos	Sí	No	No

El cultivo sigue siendo la prueba correcta para identificar la especie de Candida y estudiar su sensibilidad a antifúngicos. Lo que no puede hacer es describir el cuadro completo, por dos razones: los anaerobios que lo definen no crecen en placa, y lo que sí crece no es específico. Los propios CDC lo dicen sin rodeos: el cultivo de Gardnerella vaginalis no se recomienda como herramienta diagnóstica porque no es específico [5]. Se detecta también en una proporción alta de mujeres sin vaginosis.

El panel PCR es rápido y funciona bien para lo que busca. Su límite es estructural: solo encuentra lo que lleva en la lista, y devuelve un resultado de algoritmo, no la composición de la comunidad. Los CDC restringen además su uso a mujeres sintomáticas [5].

La secuenciación describe la comunidad entera y llega a nivel de especie. Sus límites también son reales y conviene decirlos: da abundancia relativa y no carga absoluta, el ADN no distingue una célula viva de una muerta, y sobre todo no mide inflamación, que es justo lo que separa una vaginosis, que cursa sin inflamación, de una vaginitis aerobia o una candidiasis, que cursan con ella [6].

Gardnerella no es una sola bacteria

Durante décadas se habló de Gardnerella vaginalis como si fuera una. En 2019 se dividió formalmente el género: se enmendó G. vaginalis y se describieron G. leopoldii, G. piotii y G. swidsinskii, delimitando además trece especies genómicas [7].

Esto tiene una consecuencia técnica importante. Las secuencias 16S de las distintas especies de Gardnerella son más de un 98,5 % idénticas entre sí, así que esa técnica no las distingue: hace falta otro marcador o secuenciar el genoma [8]. Cualquier análisis basado en 16S que prometa distinguirlas está prometiendo algo que su técnica no da.

¿Y para qué sirve separarlas? Aquí está el hallazgo que más matiza el discurso comercial de este sector. En un trabajo con 101 mujeres con vaginosis y 150 sin ella, ninguna especie concreta de Gardnerella resultó ser un marcador específico de vaginosis. Lo que distinguía era cuántas coexistían: el 91,1 % de las mujeres con vaginosis tenía tres o más grupos de especies, frente al 32 % de las que no la tenían [9].

Dicho de otro modo: la pregunta útil no es «¿tengo Gardnerella?», sino cuántas conviven y en qué proporción.

No todos los lactobacilos protegen igual

L. crispatus es el que mejor sostiene la evidencia. Produce más D-lactato que L. iners o Gardnerella, y se ha propuesto que ese isómero concreto es el que dificulta el ascenso bacteriano [10].

L. iners es harina de otro costal, y es el ejemplo perfecto de por qué «tienes lactobacilos, luego estás bien» no se sostiene. Tiene el genoma más pequeño descrito del género, con una pérdida masiva de genes [11], y el estado dominado por él parece menos estable y más de transición que los demás. La revisión de referencia sobre el tema se titula, literalmente, «¿amigo o enemigo?» [12]. Es un debate abierto, no una conclusión.

L. gasseri y L. jensenii son poco frecuentes y están mucho menos estudiados. Se les asume un papel protector por analogía, no por evidencia comparable.

Por qué la vaginosis vuelve

Esta es la parte que explica la frustración de muchas pacientes, y conviene decirla con números.

Tras el tratamiento estándar con metronidazol oral durante siete días, el 58 % de las mujeres recurrió a los doce meses [13]. No es un fallo del tratamiento puntual: es el patrón habitual.

En 2025 apareció un dato que cambia el marco. Un ensayo aleatorizado comparó tratar solo a la mujer frente a tratar también a la pareja masculina. En el brazo de tratamiento solo a la mujer recurrieron 43 de 68 a las doce semanas, un 63 %. Añadiendo el tratamiento de la pareja, bajó a 24 de 69, un 35 %, y el comité de seguridad detuvo el ensayo al concluir que tratar solo a la mujer era inferior [14]. Conviene saber que la guía de los CDC de 2021 todavía dice lo contrario, que no se recomienda tratar de rutina a las parejas [5]: es un punto donde la evidencia se ha movido por delante de la guía.

Sobre los probióticos, el matiz importa. Una revisión Cochrane concluyó que no había evidencia suficiente ni a favor ni en contra de recomendarlos para tratar la vaginosis [15], pero es de 2009. Lo que hay desde entonces es una cepa concreta en un producto concreto: un probiótico vaginal de L. crispatus CTV-05 redujo la recurrencia a las doce semanas al 30 % frente al 45 % con placebo [16]. El efecto es de cepa, no de «probiótico» en genérico.

Qué NO puede decir un análisis de microbiota vaginal

Con la misma claridad que lo anterior, aunque no venda:

• No diagnostica una vaginosis bacteriana. El diagnóstico es clínico, con los criterios de Amsel [17], o microscópico, con la puntuación de Nugent [18]. Y el propio patrón tiene sus límites: los CDC sitúan la sensibilidad de los criterios de Amsel entre el 37 % y el 70 % [5].
• No confirma una candidiasis. Candida albicans coloniza de forma asintomática a alrededor de una de cada cinco mujeres [19]. Detectarla no es tener la enfermedad.
• No distingue por sí solo una vaginosis de una vaginitis aerobia, porque no mide inflamación [6]. Y esa diferencia importa: la vaginitis aerobia no responde a metronidazol.
• No es un cribado de infecciones de transmisión sexual. Clamidia, gonococo y Trichomonas se buscan con pruebas específicas.
• No es un cribado de cáncer de cérvix, que se hace con citología o prueba de VPH.
• No detecta causas no microbianas de los mismos síntomas: liquen escleroso y otras dermatosis vulvares, vulvodinia o atrofia.
• No indica un tratamiento ni da sensibilidad a antibióticos.
• No predice el resultado de un ciclo de reproducción asistida. Ha habido trabajos a favor, pero el más reciente concluye que ni el vaginotipo, ni la diversidad, ni la proporción de lactobacilos predicen el resultado [20].

Y una consecuencia práctica de todo esto: un CST IV en una mujer sin síntomas no es, por sí solo, una indicación de tratar. Los CDC no recomiendan cribar ni tratar la vaginosis asintomática [5].

Hay además un caso donde el informe se lee al revés de lo que parece. En una mujer posmenopáusica sin terapia hormonal, tener pocos lactobacilos y un pH de 5 a 6,5 es lo esperable, no una disbiosis: es el síndrome genitourinario de la menopausia, y responde a estrógenos locales, no a antibióticos [21].

Preguntas frecuentes

¿Qué es un vaginotipo o CST? Uno de los cinco tipos de comunidad vaginal descritos en 2011: cuatro dominados por un lactobacilo distinto y un quinto sin lactobacilo dominante, con anaerobios diversos.

¿Tener el CST IV significa que estoy enferma? No. La cohorte donde se describieron los vaginotipos era de mujeres asintomáticas, y el CST IV aparecía en ella. Describe un estado, no un diagnóstico.

¿Es mejor tener más diversidad? En la vagina no. Al contrario que en el intestino, la defensa consiste en que domine un solo género: en mujeres sin vaginosis se detectan unas 3 especies de media, y en mujeres con vaginosis unas 12.

¿Por qué mi cultivo sale bien si tengo síntomas? Porque los anaerobios que definen el cuadro no crecen en placa, y lo que sí crece, como Gardnerella, aparece también en una proporción alta de mujeres sin vaginosis. Los CDC no recomiendan el cultivo de Gardnerella como herramienta diagnóstica.

¿Sirve de algo distinguir las especies de Gardnerella? Sí, pero no como se suele contar. Ninguna especie concreta marca la vaginosis; lo que se asocia es cuántas coexisten. Y la secuenciación 16S no puede separarlas, porque sus secuencias son más de un 98,5 % idénticas.

¿Tener lactobacilos garantiza que todo va bien? No. L. crispatus es el que mejor sostiene la evidencia, mientras que el estado dominado por L. iners parece menos estable y es objeto de debate abierto.

¿Por qué me vuelve la vaginosis? Es lo habitual: tras el tratamiento estándar, el 58 % de las mujeres recurre a los doce meses. Un ensayo de 2025 encontró que tratar también a la pareja masculina bajaba la recurrencia del 63 % al 35 % a las doce semanas.

¿Un análisis de microbiota sustituye la visita al ginecólogo? No. Es información para la consulta, no en lugar de ella.

Qué hacemos nosotros

El test de microbiota vaginal de Biotasmart es metagenómica shotgun y se ofrece a través de profesionales sanitarios. Identifica el vaginotipo y cuantifica las especies presentes, incluidas cuatro de Gardnerella por separado, que es lo que la secuenciación 16S no llega a hacer. La paciente puede tomar la muestra en su casa o hacerse la toma en la consulta, según prefiera el centro.

Cada taxón se evalúa contra rangos de referencia de la literatura, y el informe está escrito para que la paciente lo entienda y el profesional pueda usarlo delante de ella. Es una herramienta de apoyo a la decisión clínica y no una prueba diagnóstica: un hallazgo se confirma con la prueba que corresponda. Hay una comparativa técnica criterio a criterio de cultivo, PCR y secuenciación.