Laboratorio de microbiota para clínicas: qué mirar

Quien busca un laboratorio de microbiota para su clínica suele necesitar tres cosas: que la muestra se procese bien, que el resultado sea fiable y se pueda comparar en el tiempo, y poder convertirlo en una recomendación que el paciente entienda y siga. Un buen laboratorio resuelve las dos primeras. La tercera, que es la que llega a la consulta, depende de quién interpreta el resultado.

Para una clínica, elegir laboratorio de microbiota es decidir cuatro cosas: qué tecnología de secuenciación se usa, cómo se conserva y procesa la muestra, qué se entrega al final (datos, un informe estándar o un plan) y quién interpreta el resultado. Este artículo repasa qué preguntar en cada una.

Qué hace un laboratorio de microbiota

Recibe la muestra, que en la microbiota intestinal es de heces y en la vaginal es un hisopo, extrae el ADN, lo secuencia y, con herramientas de bioinformática, calcula qué microorganismos hay y en qué proporción. El resultado habitual es una tabla de abundancias, a veces acompañada de un informe estándar con rangos de referencia.

Lo que un laboratorio no suele hacer es situar ese resultado en la historia de cada paciente ni traducirlo a un plan concreto: qué alimentos priorizar, qué probiótico elegir y durante cuánto tiempo, cuándo repetir la prueba. Esa parte queda en manos del profesional, y es la que más tiempo consume en consulta cuando el informe llega en bruto.

Qué tecnología pedir: 16S o metagenómica shotgun

Es la primera pregunta, porque determina todo lo que el resultado podrá decir después.

• Secuenciación 16S. Lee un fragmento de un gen que tienen todas las bacterias y lo compara con bases de datos. Identifica bacterias, normalmente hasta el nivel de género, y es la opción más económica. Sirve como primera foto del ecosistema.
• Metagenómica shotgun. Secuencia todo el material genético de la muestra. Llega a nivel de especie, detecta también hongos y otros microorganismos y permite estimar qué funciones metabólicas tiene la comunidad.

La diferencia no es teórica. En un estudio que secuenció la misma muestra de heces humanas con los dos métodos, la shotgun detectó más especies bacterianas, más diversidad y más genes que la 16S [1]. Otro trabajo comparativo, hecho con microbiota intestinal de pollos, encontró que la 16S solo captaba una parte de la comunidad que revelaba la shotgun, y que los géneros poco abundantes que solo veía la shotgun tenían significado biológico: distinguían las condiciones del experimento tan bien como los más abundantes [2].

La regla práctica para una consulta: si la decisión clínica depende de la especie, como elegir un probiótico por cepa, o de saber si hay hongos, conviene pedir metagenómica shotgun. Si lo que se busca es una primera aproximación, la 16S puede bastar.

Por qué la misma muestra puede dar resultados distintos

Es algo que pocos laboratorios cuentan y que importa mucho si vas a hacer seguimiento. En el proyecto Microbiome Quality Control, las mismas muestras se enviaron a ciegas a 15 laboratorios y se analizaron con nueve protocolos de bioinformática. La variabilidad dependió sobre todo del tipo y origen de la muestra, y después de la extracción del ADN, del manejo de la muestra y de la bioinformática [3].

Dos consecuencias para la clínica:

• Para comparar en el tiempo, repite con el mismo proveedor y el mismo método. Cambiar de laboratorio entre la primera y la segunda prueba mezcla el efecto de la intervención con el del método.
• Pregunta por los controles de calidad. Las comunidades artificiales de composición conocida permiten detectar diferencias de extracción y de clasificación, justo lo que el proyecto encontró al analizarlas [3].

La conservación de la muestra es el otro punto crítico. En un estudio con más de 1.200 muestras, varios métodos de estabilización mantuvieron muy estable la microbiota fecal hasta ocho semanas, incluso con ciclos de congelación y cambios de temperatura [4]. Por eso importa que el tubo de recogida lleve estabilizador. Las guías de buenas prácticas insisten en decidir la recogida, la conservación y los controles antes de empezar, porque condicionan todo lo demás [5].

Qué preguntar antes de trabajar con un laboratorio

Una lista para llevar a la primera conversación:

1. ¿Qué tecnología usa cada prueba y qué microorganismos cubre: solo bacterias, o también hongos, arqueas y virus?
2. ¿Cómo se conserva la muestra hasta que llega? ¿Lleva estabilizador el tubo? ¿Cuántos días aguanta a temperatura ambiente?
3. ¿Qué controles de calidad aplica en la extracción y en la bioinformática?
4. ¿Qué entrega: datos, un informe estándar o recomendaciones concretas para el paciente?
5. ¿Con qué compara el resultado? Si hay rangos de referencia, ¿de dónde salen?
6. ¿Cuánto tarda y quién gestiona la logística: el envío del test, la devolución de la muestra y las incidencias?
7. ¿Cómo trata los datos de salud? En el Reglamento General de Protección de Datos son una categoría especial, con requisitos propios.
8. ¿Qué dice y qué no dice el informe? Un análisis de microbiota no es una prueba diagnóstica, y quien lo presenta como tal está exagerando.

Laboratorio o servicio completo

Hay dos formas de incorporar la microbiota a una consulta, y encajan en situaciones distintas.

Trabajar directamente con un laboratorio encaja si:

• tu equipo ya interpreta microbiota con soltura y prefiere los datos a un informe cerrado,
• necesitas pruebas concretas, como la detección de un patógeno por cultivo o PCR,
• o el objetivo es de investigación y quieres los datos brutos.

Un servicio completo encaja si:

• quieres que el resultado llegue ya traducido a un plan que el paciente pueda seguir,
• prefieres un solo proveedor para todo el circuito: el test, el envío, la secuenciación y el informe,
• o vas a usarlo con muchos pacientes y no todos los profesionales del centro tienen formación en microbiota.

Lo que ningún laboratorio de microbiota puede hacer

• Diagnosticar colon irritable o intestino permeable. El colon irritable se diagnostica por síntomas, con los criterios de Roma IV, y descartando otras causas [6], y el intestino permeable no existe como diagnóstico médico.
• Confirmar un SIBO desde una muestra de heces. El SIBO ocurre en el intestino delgado y lo confirma un test de aliento. Lo que sí puede hacer un informe es señalar un patrón de riesgo que oriente al profesional sobre si pedirlo.
• Sustituir la valoración clínica. Describe un ecosistema para orientar decisiones; las decisiones siguen siendo del profesional.

Qué hacemos nosotros

Biotasmart funciona como servicio completo para consultas. La clínica pide los tests, el paciente toma la muestra en casa o en la consulta, un laboratorio especializado en microbiota la secuencia y nosotros entregamos el informe interpretado en tres o cuatro semanas, con un plan de 12 semanas que el paciente entiende y el profesional puede usar delante de él.

El Test Avanzado y el test de microbiota vaginal usan metagenómica shotgun; el Test Esencial es una primera foto de la microbiota intestinal. Los informes se gestionan desde una plataforma profesional, formamos al equipo del centro antes de empezar y tenemos certificado de distribuidor de productos sanitarios. Puedes ver cómo es un informe completo, leer cómo trabajamos con clínicas o pedir una demo de media hora. Si lo que comparas son test concretos del mercado, está la comparativa de test de microbiota en España.

Preguntas frecuentes

¿Qué es un laboratorio de microbiota? Un laboratorio que recibe muestras de heces o de hisopo, extrae el ADN, lo secuencia y calcula qué microorganismos hay y en qué proporción. Lo habitual es que entregue una tabla de abundancias o un informe estándar, y que la interpretación clínica quede en manos del profesional.

¿Qué tecnología conviene pedir para la consulta? Depende de la decisión que quieras tomar. Para una primera aproximación puede bastar la secuenciación 16S; si necesitas llegar a especie, ver hongos o elegir un probiótico por cepa, conviene la metagenómica shotgun.

¿Puede un laboratorio de microbiota detectar SIBO? No puede confirmarlo con una muestra de heces, porque el SIBO ocurre en el intestino delgado y se confirma con un test de aliento. Un informe sí puede señalar un patrón de riesgo que oriente al profesional sobre si pedir esa prueba.

¿Se pueden comparar los resultados de dos laboratorios distintos? Con mucha cautela. Las mismas muestras dan resultados distintos según la extracción, el manejo y la bioinformática, así que para hacer seguimiento conviene repetir con el mismo proveedor y el mismo método.

¿Cuánto tarda un laboratorio de microbiota en dar resultados? Lo habitual en España son de dos a cuatro semanas desde que la muestra llega al laboratorio.

¿Qué laboratorio secuencia las muestras de Biotasmart? Un laboratorio especializado en microbiota. Biotasmart gestiona todo el circuito, del test al informe, así que la consulta trabaja con un solo proveedor.